Na 35. hitnoj sjednici Predsjedništva BiH, održanoj 29. septembra 2006. godine članovi Predsjedništva BiH su usvojili Dodatni protokol na Osnovni ugovor između Bosne i Hercegovine i Svete Stolice, koji je potpisan.

Želeći izbjeći svaku poteškoću u pogledu tumačenja Osnovnog ugovora te osigurati tačnu primjenu člana 10 stava 3 iz toga Ugovora, ovim se Protokolom u tri tačke izjavljuje sljedeće. Prvo, restitucija nekretnina ili nacionaliziranih dobara uzetih bez odgovarajuće naknade, uključujući rok njihove restitucije, bit će provedena u skladu sa zakonom kojim će se urediti materija restitucije u BiH. Drugo, radi utvrđivanja nepokretnih dobara koja treba prenijeti u crkveno vlasništvo ili srazmjerno nadoknaditi bit će ustanovljena mješovita komisija, sastavljena od predstavnika dviju strana. I treće, u skladu s članom 18 Osnovnog ugovora, materije koje zahtijevaju nova ili dodatna rješenja, razmatrat će se zajedničkim dogovorom posredstvom mješovite komisije, koja će svoje prijedloge podastrijeti odnosnim vlastima na odobrenje.

Tekst ovoga dokumenta određuje također da je Protokol, sastavni dio Osnovnog ugovora između Svete Stolice i BiH, kao i da će zajedno stupiti na snagu.

U ime Predsjedništva BiH usuglašeni «Dodatni protokol» potpisao je Ivo Miro Jović, član Predsjedništva BiH iz reda hrvatskog naroda i Alessandro D' Errico, apostolski nuncij u BiH.

Na istoj sjednici Predsjedništvo BiH je donijelo zaključak da se prava i obaveze rješavaju na isti način i za druge vjerske zajednice i crkve u BiH, kako je regulirano u Osnovnom ugovoru između BiH i Svete Stolice.